Ein weiterer nachteiliger Effekt des Rauchens auf die männliche Fruchtbarkeit: Rauchen stört die DNA-Methylierung. Diese neu entdeckte Störung der DNA-Methylierung korreliert signifikant mit der Anzahl, Beweglichkeit und Vitalität der Spermien und dem nicht kondensierten Spermien-Chromatin. Die DNA-Methylierung kann daher als ein Fertilitätsmarker bei Männern angesehen werden.